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Text File  |  1995-03-04  |  1.2 KB  |  27 lines
  1. ***************************
  2. * RecF protein signatures *
  3. ***************************
  4.  
  5. The prokaryotic protein recF  [1]  is  a  single-stranded DNA-binding  protein
  6. which also probably binds  ATP.  RecF  is  involved in DNA  metabolism;  it is
  7. required for recombinational DNA repair and for induction of the SOS response.
  8.  
  9. RecF is a protein of  about  350  to  370  amino  acid  residues;  there  is a
  10. conserved ATP-binding site motif 'A' (P-loop) in the N-terminal section of the
  11. protein as well as two  other  conserved regions,  one  located in the central
  12. section, and the other in the C-terminal section.  We  have  derived signature
  13. patterns from these two regions.
  14.  
  15. -Consensus pattern: P-[ED]-x(3)-[LIVM](2)-x-G-[GSAD]-P-x(2)-R-R-x-F-[LIVM]-D
  16. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  17. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  18.  
  19. -Consensus pattern: [LIVMFY](2)-x-D-x(2,3)-[SA]-E-L-D-x(2)-[KRH]-x(3)-L
  20. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  21. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  22.  
  23. -Last update: June 1994 / Patterns and text revised.
  24.  
  25. [ 1] Sandler S.J., Chackerian B., Li J.T., Clark A.J.
  26.      Nucleic Acids Res. 20:839-845(1992).
  27.